در 31 اردیبهشت، ابراهیم رئیسی، رئیس جمهور فقید ایران، در حین بازگشت از سفر، در سانحه سقوط هلیکوپتر درگذشت. پس از این واقعه، آیتالله سید علی خامنهای، رهبر ایران، تاکید کردند که ایران به رئیسجمهوری نیاز دارد که بتواند برای بخشهای مختلف جامعه جذابیت داشته باشد و حکومت را به چالش نکشد. یک «منبع منطقهای نزدیک به محافل قدرت ایران» افزود که این انتخابات برای کاهش تنش اعتراضات «زن، زندگی، آزادی» مهندسی شده است.
پزشکیان از سوی مقامات سابق تشویق شد تا در دور اول انتخابات 8 تیر ثبت نام کند. تمامی متقاضیان اصلاح طلب دیگر توسط شورای نگهبان رد صلاحیت شدند. این در حالی است که گفته میشود که دفتر رهبری تضمین کرده است که سعید جلیلی، مذاکرهکننده سابق هستهای ایران و محمدباقر قالیباف، رئیس محافظهکار مجلس، توسط شورای نگهبان تایید شوند. با تقسیم آرا بین این دو نفر، راهیابی به دور دوم برای هر دو دشوار شد.
یکی از نزدیکان پزشکیان اشاره داشت که او انتظار تایید شورای نگهبان را نداشت. پزشکیان در دور دوم انتخابات، جلیلی را با کسب 53.7 درصد آرا شکست داد. میزان مشارکت 49.8 درصد بود.
سعید لیلاز تحلیلگر تهرانی ادعا دارد که این یک طرح بیعیب و نقص از سوی مقام معظم رهبری بود که بقای جمهوری اسلامی را تضمین کرد.پزشکیان از هر بحرانی در داخل کشور چه با ملت و چه با حاکمیت اجتناب خواهد کرد. این به رهبران ارشد این امکان را میدهد که در مورد جانشینی آیت الله خامنهای ۸۵ ساله، تصمیم بگیرند و در فضایی آرام برای این مهم برنامهریزی کنند.
رئیس جمهور جدید در تلویزیون دولتی ایران گفت:« از مقام معظم رهبری تشکر میکنم. اگر او نبود، فکر نمیکنم نامم به راحتی از صندوقهای رای بیرون میآمد.»